2019年学术报告之十九“多宏组学联用揭示复杂微生物群落内的物质交换”

392威尼斯下载暨广东省环境污染控制与修复技术重点实验室

报告题目：多宏组学联用揭示复杂微生物群落内的物质交换

报 告  人：余珂 博士/助理教授

                   北京大学深圳研究生院

时      间：2019年08月09日 （周五）上午10:00

地      点：中山大学广州校区东校园环境大楼A206

主      持：贺志理 教授

欢迎广大师生参加！

报告人简介:

      余珂博士，北京大学环境与能源学院，助理教授。余珂博士毕业于香港大学，曾以博士后身份工作于美国加州大学伯克利分校。目前主持一项国家自然科学基金青年基金并作为主研人员累计参与美国能源部资助课题和国家自然科学基金面上项目等纵向课题8项。其的研究专长是生物信息学及环境微生物学，研究方向包括：(1)构建新型多组学数据分析平台（https://www.sys-omics.com/）以理解微生物在复杂菌群中的相互作用；(2)结合宏组学预测的菌间相互关系，构建菌间关系的高效分子生物学方法验证方法；(3)采用多维组学手段（包括代谢组学，宏基因组学以及宏转录组学）研究厌氧氨氧化菌群菌间相互作用；及(4)极端生境（极干旱、极寒冷、高盐度）中微生物、特殊人群与小型哺乳类动物肠道微生物生态研究。研究领域聚焦于新型生物信息学方法的构建及其应用，创建了多组学联用的生物信息学技术及高效环境微生物多组学分析平台。并在课题组构建两年间，利用构建的平台从各种生境中获取了约占世界已知微生物基因组总数10%的微生物基因组。近年来已在包括Microbiome、Environmental Science & Technology、Analytica Chimica acta、Applied and Environmental Microbiology等环境微生物学和环境科学与工程领域多种期刊在内的SCI期刊上发表论文34篇，被引用1700余次。

报告内容简介:

      微生物相互作用(microbial interaction)是自然生态环境或人造环境的微生物生化过程的至关重要的实现方式。理解不同微生物间在生长过程中产生的物质交换（material exchange），可协助研究者理解不同菌种间的竞争或合作关系，有助于发现构建合理的微生物群落所需的关键环境因子。因此，我们构建了一个综合的多组学联用的分析体系，该方法耦合宏基因组、宏转录组、代谢组学等多组学方法，对微生物群落有更深入和透彻的分析，可准确预测群落内微生物的共生或竞争等关系。我们的研究成功解译微生物在污染物降解（如双酚A，三氯乙烯等）及营养元素转化（如氮素转化）的群落中微生物的代谢能力和相互关系。构建的多维宏组学分析流程不仅适用于预测环境工程体系中微生物互作关系，同样对其他自然环境或肠道微生物菌间相互关系的研究有启示性作用。在进一步的研究中，我们构建了环境微生物多组学分析平台（EMMA），以期缩短多组学联用分析在研究微生物物质交换中的研究周期。现已基本完成的基因组封箱分析（binning）模块已在过去一年时间内从多种生境的微生物群落样品中获得了约全世界基因组总数10%（全球数据库中约有20万个）的微生物基因组，为深入探讨多环境的微生物间的互作关系奠定研究基础。